Tussen de saxofoon en de blokfluit zitten gigantische verschillen qua bouw en het maken van geluid. Zo is de saxofoon van metaal gemaakt en wordt er geluid opgewekt door het in trilling brengen van een stuk riet terwijl de blokfluit van hout/plastic is gemaakt en het geluid wordt opgewekt door snelstromende lucht tegen een scherpe rand te laten botsen. De klankkleur van beide instrumenten is dan ook totaal anders.
Wanneer je naar de geluidsgolf van beide instrumenten kijkt zie je duidelijke verschillen. 
De geluidsgolf van een blokfluit is bijna een perfecte sinus. Waar normaal het maximum van de sinus zou liggen zit nu echter een redelijk grote knik. Omdat de geluidsgolf zo erg op een sinus lijkt, is het geluid van een blokfluit erg vlak. Een frequentie van bijvoorbeeld 440Hz is immers een sinus zonder boventonen. Hoe meer boventonen, hoe meer de geluidsgolf van een standaard sinus gaat afwijken en hoe voller het geluid van het instrument wordt.
Kijk je naar de geluidsgolf van een saxofoon, 
dan valt meteen op dat hij veel meer afwijkt van een standaard sinus dan die van een blokfluit. De sinusvorm is met een beetje goede wil nog te herkennen, maar je kan niet anders concluderen dan dat de geluidsgolf van een saxofoon vele malen complexer is dan die van een blokfluit. Omdat de geluidsgolf meer afwijkt van een standaard sinus, door de aanwezigheid van meer boventonen, klinkt een saxofoon een stuk voller en warmer dan een blokfluit.
Ga je naar de Fourieranalyses van deze geluidsgolven kijken dan vallen ook een aantal zaken op. Van links naar rechts kijkend valt als eerste het verschil aan boventonen in de lagere frequenties op. De saxofoon heeft hier nog lichte aanwezigheid van, als je daar van mag spreken bij frequenties lager dan de grondtoon, boventonen, namelijk rond de 40Hz en 200Hz. Bij de blokfluit zijn hier helemaal geen boventonen aanwezig. De echt sterk aanwezige boventonen zijn bij saxofoon en blokfluit ook anders, maar de pieken zijn wel ongeveer even breed. De eerste vier boventonen zijn hetzelfde, maar de andere boventonen zijn verschillend. De vijfde en zesde boventoon zijn bij de saxofoon E7 en G7, maar bij de blokfluit C#8 en E8. De sterkte waarin deze boventonen aanwezig zijn verschilt ook per instrument. Bij de blokfluit zijn ze véél minder sterk aanwezig dan bij de saxofoon. Tussen de sterke boventonen zitten bij beide instrumenten ook nog piekjes van verschillende sterktes. Ook deze zijn bij de saxofoon sterker dan bij de blokfluit.